Mikroskop terbagi dua mikroskop cahaya dan mikroskop elektron. Mikroskop elektron yaitu mikroskop yang mampu membesarkan preparat terperinci dengan kuasa gandaan yang tinggi disebabkan penggunaan elektron dan bukannya cahaya untuk menyebar merata, pembesaran sehingga 500,000 kali ganda. Mikroskop elektron pertama ditemukan oleh Ernst Ruska dan Max Knoll pada tahun 1931. Mikroskop elektron ini telah dikembangkan sejak 1950 an dan mendapatkan kemajuan besar dalam bidang Sains. Kelebihan pancaran elektron adalah ia mempunyai jarak gelombang lebih kecil, yang menghasilkan resolusi lebih tinggi ukuran betapa hampir dua benda boleh mendekati sebelum dilihat sebagai satu. Mikroskop cahaya membenarkan resolusi sekitar 0.2 mikrometer, sementara mikroskop elektron mampu mempunyai resolusi serendah 0.1 nanometer. Pancaran elektron voltan tinggi dari katode ditumpukan oleh magnet pada spesimen. Ia kemudiannya dibesarkan melalui magnet sehingga ia menghentam plat gambar atau sensor sensitive cahaya yang memindahkan imej pada skrin komputer. Imej yang terhasil dikenali sebagai mikrograf elektron electron micrograph (EM) (Anonim¹, 2006).

Mikroskop cahaya adalah mikroskop yang bergantung pada cahaya matahari ketelitian mikroskop cahaya kalah dibanding dengan mikroskop elektron (Anonim¹, 2006).

Mikroskop optik terdiri dari mikroskop ganda dan mikroskop binokular. Mikroskop binokular adalah menggunakan dua bahagian mata (atau kadang kala dua mikroskop lengkap) untuk memberikan sudut pandangan berbeda sedikit kepada mata kiri dan kanan. Dengan cara ini dapat menghasilkan pandangan tiga dimensi. Mikroskop binokular sering digunakan untuk mengkaji permukaan spesimen. Mikroskop ganda merupakan mikroskop yang mempunyai kaca dengan jarak fokus dekat sebagai objectif, dan kaca tunggal sebagai bagian mata atau okular (Anonim², 2006).